密西西比州立法机构于1844年2月24日创建了密西西比大学。四年后，该大学在1848年开设了第一批80名学生。23年来，密西西比大学是密西西比州唯一的公立高等学府，并且在长达110年时间内是该州唯一的综合性大学。政治家Pryor Lea是创始受托人。

大学创立初期，校园由六栋建筑组成：两个宿舍，两个教师宿舍，一个教学楼和位于中心的Lyceum。 Lyceum建于1846年至1848年，是校园内最古老的建筑。最初，Lyceum包含了该大学的所有教室和教师办公室。建筑的北翼和南翼于1903年增加，1927届毕业生在东部门廊上方捐赠了时钟。 Lyceum是该大学行政办公室的所在地。 Lyceum的圆柱形立面代表了大学的官方徽章，以及成立的日期。

1854年，密西西比大学在美国建立了第四所国家支持的公立法学院，并开始提供工程教育。

该大学于1882年成为男女同校，并且于1885年聘请女教师Sarah McGehee Isom，这是美国东南部第一所这样做的大学机构。

1903年，密西西比大学医学院在牛津校区成立，该大学开始接受医学教育。在那个时代，大学提供了两年的临床前教育证书，毕业生离开本州完成医学博士学位。 1950年，密西西比州立法机构投票决定建立一所为期四年的医学院。 1955年7月1日，大学医疗中心在密西西比州首府杰克逊开设了一所为期四年的医学院。密西西比大学医学中心被称为密西西比大学的健康科学校园。它拥有密西西比大学医学院和其他五所健康科学学院：护理学，牙科，健康相关专业，研究生学习和药学（药学院分别位于密西西比大学的牛津校区和医学中心校区）。

通过密西西比州政府的行政和立法部门进行了多次尝试，以重新安置或以其他方式管理密西西比大学。 1900年至1930年间，密西西比州立法机构提出了几项旨在实现这一目标的法案，但任何一所法院都没有通过这样的法案。 1912年，密西西比州迦太基的参议员威廉·埃利斯引入了这样一项法案，该法案将该学院与当时密西西比州的A&M合并。然而，尽管该法案只是寻求成立一个探索委员会，但这项措施却被彻底打败了。 1920年2月，立法机构的56名成员抵达校园，与学生和教师讨论将密西西比A&M，密西西比女子学院和密西西比大学转移到杰克逊的想法，而不是当时大臣约瑟夫要求用于修复校园破旧和结构不健全的建筑的750,000.00美元资金。后来这些资金加上额外的300,000.00美元拨给学校，用于建造4个男性宿舍，一个女性宿舍和一个药房，这解决了长期存在的一些问题。

在第二次世界大战期间，密西西比大学是参加V-12海军学院培训计划的全国131所大学之一，该计划为学生提供了通往海军委员会的途径。

2008年9月26日，该大学被选中参加2008年第一次总统辩论，参议员约翰麦凯恩和当时的参议员巴拉克奥巴马。这是在密西西比州举行的第一次总统辩论。

该大学于2010年秋季为体育赛事采用了新的现场吉祥物。Colonel Reb于2003年从体育赛事的边缘退役，正式被黑熊“Rebel”取代，然后在2018年被Landshark取代。所有大学运动队仍被正式称为Rebels。

密西西比大学的第25届罗德学者于2008年被提名。自1998年以来，它已经培养了两位罗德学者，10位金水学者，7位杜鲁门学者，18位富布赖特学者，1位马歇尔学者，3位Udall学者，2位盖茨剑桥学者，1位米切尔学者，19名博伦学者，一名博仁研究员和一名德国总理奖学金。